Dia merupakan salah seorang pengguna kuasa Mangekyo Sharingan selain Kakashi dan Itachi, Uchiha Madara, Uchiha Shisui dan Uchiha Obito. Dia meninggalkan Konoha untuk pergi berlatih dengan Orochimaru tanpa mengetahui Orochimaru berhasrat menggunakan tubuhnya untuk mendapatkan kehidupan yang abadi. Dia juga berjaya mencipta teknik kilat Chidori terbaru yang berupaya seperti pedang. Ini terbukti apabila dia berjaya membunuh Orochimaru. Selepas membunuh Orochimaru, dia menggunakan kuasa ular putih Orochimaru.

Sasuke memulakan misi utamanya iaitu membunuh abangnya, Itachi. Pertarungan Sasuke dan abangnya sangat sengit. Itachi, yang sedang mengalami penyakit serius mahu mati di tangan adiknya sendiri. Ini membolehkan Sasuke menggunakan Amaterasu untuk membela dirinya daripada gangguan Tobi / Uchiha Madara (Diri sebenaranya ialah Uchiha Obito). Semasa bertarung dengan Killer Bee (Jinchuriki kerbau sotong kurita berekor lapan bernama Gyuki), dua kali Sasuke mengalami kecederaan parah dan dirawat oleh Karin dan Madara. Sasuke merasakan dirinya lemah dan tak mampu untuk mempertahankan kawan-kawannya. Akhirnya dia menggunakan Amaterasu dan berjaya menewaskan Killer Bee dengan hanya sekali pandang.

Pada perjumpaan Kage, Sasuke; Karin; Zetsu dan Tobi membuat kacau perjumpaan Kage. Sasuke membawa Danzo (bakal Hokage) kesuatu tempat untuk berlawan. Akhirnya Danzo tewas ditangan Sasuke. Sasuke sudah mula hilang kawalan dengan kehebatan kuasanya dan hampir membunuh Karin. Selepas itu, Sakura muncul untuk tujuan membunuhnya. Sasuke hampir-hampir serang Sakura dari belakang dan akhirnya Naruto sempat selamatkan Sakura. Tiba-tiba, mata Sharingan terus lenyap dan matanya terus kabur. Tobi dan beberapa askar Zetsu muncul untuk membawa Sasuke. Kata-kata terakhir Sasuke sebelum meninggalkan tempat itu, dia berharap dapat membunuh Naruto dahulu selepas itu memusnahkan kampung Konoha.

Tobi memberi mata Itachi kepada Sasuke. Mata Itachi di tubuh Sasuke memberi satu tenaga lebih kuat dan tahap tertinggi Sharingan iaitu Eternal Mangekyō Sharingan. Ketika Sasuke berjalan-jalan berjumpa askar Zetsu dan membakarnya dengan Amaterasu. Sasuke cuba pukau salah satu zetsu dengan genjutsu: Sharingan terus Zetsu memberitahunya bawa peperangan sedang berlaku, Naruto dan Killer Bee sedang bertarung dengan Tobi dan Sasuke terus pancung kepalanya. Sasuke ternampak burung gagak berselompok terbang dan Sasuke terus ke sana. Sasuke terserempak dengan abangnya Itachi yang telah dihidupkan semula dengan jutsu Edo Tensei. Itachi memberitahunya bahawa dia hendak tewaskan Kabuto dan membatalkan Teknik Edo Tensei. Apabila sampai ke kubu Kabuto, Sasuke dan Itachi berlawan dengan Kabuto. Kabuto tidak boleh dibunuh dengan serangan, cuma boleh membunuhnya dengan teknik genjutsu yang paling hebat dalam kaum Uchiha iaitu Izanagi. Akhirnya Kabuto seperti mayat hidup dan Itachi menggunakan jutsu Tsukuyomi untuk membatalkan Edo Tensei. Akhirnya Edo Tensei dibatalkan, sebelum Itachi pergi dia jugakan Tsukuyomi dekat Sasuke untuk menunjukan kebenaran Itachi untuk melindungi Kampung Konoha. Sebelum abangnya pergi, dia tetap sayangkan adiknya walaupun tidak meminta sebarang maaf darinya.